Дворцовая часовня (Frederiksborg Slotskirke на карте) занимает западное крыло замка, и является уникальным сооружением времен Кристиана IV. Работы по строительству начались в 1602 году, здание было закончено к 1606-1608 году.

Во время пожара 1659 года пострадала только верхняя часть башни, интерьеры сохранили вид, который имели в 17 веке. Колокольня отремонтирована в 1659 году, последняя реконструкция была проведена в 2002 году.

Крситиан IV был первым и последним королем, коронованным в часовне. С введением абсолютизма ритуал помазания заменил коронацию и все датские монахи, начиная с Кристтиана V были помазаны в часовне Фредериксборга.

Оригинальный карильон был изготовлен 1619-21 годах мастером Джоном Хескелауром из Нордхаузена и погиб при пожаре 1859 года.

В 1863 году на отремонтированной башне установили 4 колокола, и только в 1895 году звонница обрела полноценный набор из 27 колоколов, исполнявший 6 различных гимнов.

Часовня действует как приходская церковь, имеет четырех священников, и двух органистов. По четвергам в 13:30 здесь проходят органные концерты.