За музеем Прадо, на холме, находится церковь Святого Иеронима (Сан Херонимо, Iglesia de San Jerónimo El Real на карте), одна из старейших в Мадриде.

В 1463 году король Кастилии Энрике IV "Бессильный" выделил ордену Святого Иеронима земли для строительства монастыря на берегах реки Мансанарес. Несмотря на то, что монахи получили привилегии по налогам, местность была болотистой и обитатели монастыря стали страдать ревматизмом. В начале 16 века, по распоряжению королевы Исабель I, монастырь был переведен Мадрид.

Строительство велось с 1503 по 1505 год, церковь была построена в стиле, получившем название "исабелианской готики", или "исабелино".

Монастырь стал крупнейшим в Мадриде и в народе назвался просто "Эль Херонимо".

Во второй половине 16 века рядом был построена новая королевская резиденция, дворец Буэн Ретиро, и с этого момента храм стал тесно связан с жизнью испанской монархии. Здесь принимали клятвы при вступлении на престол, венчались и отпевались члены королевской семьи.

Во время нашествия Наполеона (Войны за независимость) в 1808 году дворец Буэн Ретиро и монастырь был полностью разграблен и частично разрушены, досталось и зданию нынешнего музея Прадо. После войны король Фернандо VII использововал уцелевшие помещения монастыря под артиллерийские казармы.

В середине 19 века, во время правления короля-консорта Франциска де Асис Бурбон, по инициативе его жены Исабель II началось восстановление монастырской церкви. Работы велись с 1848 по 1859 год под руководством архитектора Нарцисо Паскуаля (Narciso Pascual y Colomer), в результате которых в алтарной части были пристроены две башни.

В 1878 году храм был передан мадридскому архиепископству, которое поручило архитектору Энрике Мария Репульесу (Enrique María Repullés) оформление интерьеров. Спустя пять лет храм получил статус приходского и был открыт для публики.

При этом церковь не утратила связь с королевской семьей - 31 мая 1906 года король Альфонсо XIII обвенчался в храме с Викторией Евгенией Баттенберг, а 27 ноября 1975 года здесь принял клятву верности короне нынешний король Испании Хуан Карлос I.

В начале XXI века церковь была передана в музею Прадо, была полностью отрестварирована как снаружи так и внутри.